Hidroponik tidak akan berhasil berjalan dengan lancar apabila tidak melakukan beberapa pemeliharaan sebagai berikut:
- Penyuplaian Nutrisi, semakin tinggi angka TDS, maka semakin pekat konsentrasi kation dan anion serta semakin tinggi penghantaran listriknya. Dalam budidaya tanaman secara hidroponik, TDS meter berperan sangat penting, tanaman dapat tumbuh dengan baik apabila ppm yang diberikan pada larutan nutrisi hara diatur sesuai kebutuhan tanaman. pengukuran nutrisi baiknya dilakukan setiap hari agar terpantau ppm nutrisinya sudah sampai mana. Suhu yang tidak stabil juga mempengaruhi ukuran ppm.
- Pengendalian OPT, OPT merupakan Organisme Pengganggu Tanaman, terbagi menjadi 3 yaitu Hama, Gulma, dan Penyakit. Golongan OPT yang sering mengganggu tanaman hidroponik adalah golongan HAMA dan PENYAKIT. Karena hidroponik merupakan teknik yang dirancang untuk meminimalisir tumbuhnya gulma, sehingga gulma tidak menjadi masalah yang signifikan dalam budidaya tanaman secara hidroponik.
- Penyulaman, merupakan kegiatan mengganti lubang tanam yang tanamannya mati. Penyulaman biasa dilakkan dalam hidroponik skala indstri. Penyulaman dilakukan mulai pada umur tanaman 15 HST (Hari Setelah Tanam).
- Pengontrolan Selang Nutrisi, selang-selang nutrisi dilakukan pengecekkan 3 kali dalam sehari. Apabila terjadi masalah yang tertimpa pada selang, satu gully yang berisi tanaman dengan jumlah banyak otomatis akan terganggu sampai dengan mati semua. Hal tersebut akan sangat merugikan sang pelaku tanam.
- Pengontrolan PPM dan pH nutrisi, dilakukan dengan menggunakan alat ukur TDS meter dan pH meter. Pengecekkan pH dan PPM nutrisi sangat disarankan dilakukan sebanyak 3 kali, yakni puku; 9 pagi, 12 siang, dan 3 sore. Hal tersebut bertujuan mengetahui seberapa besar perubahan kandungan nutrisi yang mengaliri tanaman hidroponik. Apabila terdapat kesalahan, maka bisa langsung ditanggulangi.
- Sistem Irigasi, pengairan nutrisi tanaman hidroponik yang perlu dilakukan pengecekkan setiap hari adalah keadaan pompa dan bak penampung air nutrisi. Hal tersebut mempengaruhi sumber kehidupan dari tanaman itu sendiri. Biasanya jika air nutrisi yang ada di dalam bak penampung habis, pengisian harus segera dilakukan agar tanaman tidak mati serta tidak kewalahan saat listrik mati mendadak.
- Panen dan Pasca Panen, komoditas yang ditanam sudah tercatat mulai tanggal semai sampai dengan kapan harus dipanen. Proses panen dilakukan dengan melihat jadwal pada masing-masing tanaman. Bebebrapa kasus, misal: terlalu cepat panen, dapat ditanggulangi apabila jadwal semai sampai panen terdata dengan baik.
